НЦВИ имеет в своем составе:
- 7 научных лабораторий, которые наследовали тематику и традиции 70–90-х г.г.
- Отдел «Морские технологии», включающий в себя 2 научных лаборатории. Руководит отделом к.ф.-м.н. Г. Н. Кузнецов
В Центре работает более 70 сотрудников, среди них 18 докторов и 20 кандидатов наук.
Работу Центра, наряду с бюджетным академическим финансированием, обеспечивают конкурсные программы Российского фонда фундаментальных исследований, Правительства Российской Федерации, международные гранты, исследовательские и конструкторские оборонные заказы. Центр ведет совместные исследования с институтами РАН, физическими институтами ряда зарубежных стран, московскими высшими учебными заведениями.
В Центре функционирует квалификационный совет Д 002.063.01 по защите диссертаций на соискание ученых степеней доктора и кандидата физико-математических наук по специальностям лазерная физика 01.04.21 и акустика 01.04.06. Председателем совета долгие годы был академик Ф.В. Бункин. Ученый секретарь совета – доктор физико-математических наук В.М. Кузькин.
Центр является соучредителем журнала «Physics of Wave Phenomena» (бывший «Physics of Vibrations»), главным редактором которого со дня основания был академик Ф.В. Бункин.